我需要打开一个R脚本并为其提供由单独的python脚本制定的输入。 subprocess模块似乎是一个很好的方法来做到这一点。

虽然我遇到了一些令人费解的结果，也就是说我可以通过p.stdin显然只写一次。 这是我到目前为止：

from subprocess import Popen, PIPE, STDOUT

p = Popen(['r --no-save'],stdin=PIPE,stdout=PIPE,stderr=PIPE,shell=True)
p.stdin.write("source('myrscript.R')n")
p.stdin.write('myfirstinput')

当我运行这段代码时，会发生什么情况是stdin.write()的第一个实例按预期执行（并打开了我的R脚本），但第二行什么也不做，并且子进程（实际上是R脚本）退出并出现错误，表明子处理没有收到输入，因为输入是预期的，因此终止。

注意 - 在完美的世界中，我只是直接通过R进行交互，但是这个特殊的脚本需要复杂的输入，不能直接输入实际用途。 另外，rpy / rpy2不是一个选项，因为此脚本的最终用户不一定有权访问该模块或其依赖项。 rscript是一种选择（出于许多原因，但主要是由于最终用户R配置的可变性）。

最后， p.communicate不是一种选择，因为显然这将在写完后关闭过程，并且我需要保持打开状态。

提前致谢

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你需要的是调用.communicate() ：

from subprocess import Popen, PIPE, STDOUT

p = Popen(
    ['r', '--nosave'],
    stdin=PIPE,
    stdout=PIPE,
    stderr=PIPE)
p.stdin.write("source('myrscript.R')n")
p.stdin.write('myfirstinputn')
p.stdin.write('qn')

stdout, stderr = p.communicate()

print '---STDOUT---'
print stdout
print '---STDERR---'
print stderr
print '---'

讨论

我不使用shell=True ，它似乎与我的假R脚本一起工作，因为我的系统中没有安装R。 你可能会也可能不需要它。

我更喜欢将命令行分割成如图所示的字符串列表，但像r --nosave这样的单个字符串也可以工作; 只是不要同时做这两件事。

不要忘记， stdin.write()不会写入新行字符n ，您必须自己提供。

更新

我的第一次尝试不合格，我希望第二次尝试接近。 正如JF塞巴斯蒂安所建议的那样，您可能需要使用pexpect ：

import pexpect
import sys

if __name__ == '__main__':
    prompt = '> ' # Don't know what the R prompt looks like
    lines = ['one', 'two', 'three']

    r = pexpect.spawn('r --no-save', logfile=sys.stdout)
    for line in lines:
        r.expect(prompt)
        r.sendline(line)

    # If you want to interact with your script, use these two lines
    # Otherwise, comment them out
    r.logfile = None # Turn off logging to sys.stdout
    r.interact()

讨论

您可能需要安装pexpect 。 我用pip install pexpect做了它

如果您不想与系统交互，请注释掉最后两行，但一定要发送一些信号让R脚本退出。

spawn()返回一个spawn对象，参见doc这里。

链接地址: http://www.djcxy.com/p/12615.html

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