使用texreg获取lme4对象的标准错误
我一直在使用梦幻般的包texreg来从lme4模型中生成高质量的HTML表格。 不幸的是,默认情况下,texreg在lme4模型的系数下创建置信区间,而不是标准误差(参见JSS论文第17页)。
举个例子:
library(lme4)
library(texreg)
screenreg(lmer(Reaction ~ Days + (Days|Subject), sleepstudy))
产生
Computing profile confidence intervals ...
Computing confidence intervals at a confidence level of 0.95. Use argument "method = 'boot'" for bootstrapped CIs.
===============================================
Model 1
-----------------------------------------------
(Intercept) 251.41 *
[237.68; 265.13]
Days 10.47 *
[ 7.36; 13.58]
-----------------------------------------------
AIC 1755.63
BIC 1774.79
Log Likelihood -871.81
Deviance 1743.63
Num. obs. 180
Num. groups: Subject 18
Variance: Subject.(Intercept) 612.09
Variance: Subject.Days 35.07
Variance: Residual 654.94
===============================================
* 0 outside the confidence interval
我更喜欢看到这样的事情:
Computing profile confidence intervals ...
Computing confidence intervals at a confidence level of 0.95. Use argument "method = 'boot'" for bootstrapped CIs.
===============================================
Model 1
-----------------------------------------------
(Intercept) 251.41 *
(24.74)
Days 10.47 *
(5.92)
-----------------------------------------------
[output truncated for clarity]
有没有办法来克服这种行为? 就我所知,使用ci.force = FALSE选项不起作用。
我坚持使用texreg,而不是像stargazer这样的其他软件包之一,因为texreg允许我将系数组合为有意义的组。
在此先感谢您的帮助!
(更新:编辑包含一个例子)
使用naive=TRUE
接近你想要的...
library(lme4); library(texreg)
fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days|Subject), sleepstudy)
screenreg(fm1,naive=TRUE)
## ==========================================
## Model 1
## ------------------------------------------
## (Intercept) 251.41 ***
## (6.82)
## Days 10.47 ***
## (1.55)
## ------------------------------------------
## [etc.]
我不知道你从哪里得到了24.94,5.92的价值?
sqrt(diag(vcov(fm1)))
## [1] 6.824556 1.545789
cc <- confint(fm1,which="beta_")
apply(cc,1,diff)/3.84
## (Intercept) Days
## 7.14813 1.61908
基于缩放配置文件置信区间的隐含标准错误稍微宽一些,但没有太大差异。
我不知道如何轻松做到的是根据配置文件置信区间获取重要性测试/明星,同时仍然在表中获得标准错误。 根据?texreg
的ci.test
条目,
texreg
打印一颗星 上一篇: Getting standard errors for lme4 object with texreg
下一篇: Regression tables in Markdown format (for flexible use in R Markdown v2)