将个别点改为组合手段/ SE
我在stats.stackexchange中试过这个问题，有人建议我在这里尝试一下，所以在这里：
我已用RAN和VEGAN软件包完成了一些有关树木健康的生态数据的PCA分析。 总共有80棵树（如此，80个地点）分成四个处理类别。 我已经用颜色编码的点绘制了数据 - 根据治疗组的颜色。 我不想在PCA双槽图上绘制单独的网站/树，我想制作一个像盒子一样的图，它有四个“十字”，它们显示每个组的质心和两个PCA维度的SE。 我在论文中看到过这样的人物，但我似乎无法找到用这种方式绘制的R脚本。 有什么建议么？ （我想在这里发布一个我正在寻找的示例图片，但是我可以找到的那些图片都是付费的，对不起）。
我猜想另一种方法是只取网站分数并手动找到手段和SE并创建我自己的情节，但如果可能的话，我宁愿为它找到一个脚本。
我一直在运行的代码非常简单：
p1<-princomp(scale(health, scale=T))
summary(p1)
scores(p1)
plot(p1)
loadings(p1)
biplot(p1, xlab = "PC 1 (38%)", ylab = "PC 2 (22%)",cex=0.6)
plot(p1$scores[,1],p1$scores[,2])
names(p1)
plot(p1$scores[,1],p1$scores[,2], type='n', xlab="PC I", ylab="PC II")
text(p1$scores[,1],p1$scores[,2] labels=Can$tree)
我可能会从ordiellipse开始，看看是否适合您的需求。
### Reproducible example
require("vegan")
data(varespec)
data(varechem)
pca <- rda(varespec, scale = TRUE)
grp <- with(varechem, cut(Baresoil, 4, labels = 1:4))
cols <- c("red","orange","blue","forestgreen")
scl <- 1 ## scaling
plot(pca, display = "sites", scaling = scl, type = "n")
points(pca, display = "sites", scaling = scl, col = cols[grp], pch = 16)
lev <- levels(grp)
for (i in seq_along(lev)) { ## draw ellipse per group
ordiellipse(pca, display = "sites", kind = "se", scaling = scl,
groups = grp, col = cols[i], show.groups = lev[i])
}
## centroids
scrs <- as.data.frame(scores(pca, display = "sites", scaling = scl,
choices = 1:2))
cent <- do.call(rbind, lapply(split(scrs, grp), colMeans))
points(cent, col = cols, pch = 3, cex = 1.1)
这产生
你可以从上面的代码中删除points()行来停止绘制实际的样本，但是我认为这对于理解ordiellipse在做什么而言很有指导意义。
在图中，通过对grp进行分组，将质心标记为每个轴上的网站得分的平均值。 椭圆是一个连续的区域（给定我在ordiellipse()调用中选择的设置）1关于该质心的标准错误。 您对每个方向的误差线的建议是椭圆由ordiellipse绘制的特定情况---如果您要计算质心的标准误差，则它们应该延伸至椭圆的水平和垂直极值点方向。
但是，这不会考虑两个坐标轴上的分数的协方差。 请注意，在下面的示例中，在那些与轴线成角度的椭圆中，标准误差线在椭圆的极值点上不会相交。 如果您要绘制一个包含由误差线定义的区域的框，它将包含椭圆，但它给出质心不确定性的非常不同的印象。
serrFun <- function(df) {
apply(df, 2, function(x) sd(x) / sqrt(length(x)))
}
serr <- do.call(rbind, lapply(split(scrs, grp), serrFun))
for (i in seq_along(lev)) {
arrows(cent[i, 1] - serr[i, 1], cent[i, 2],
cent[i, 1] + serr[i, 1], cent[i, 2],
col = cols[i], code = 3, angle = 90, length = 0.05)
arrows(cent[i, 1], cent[i, 2] - serr[i, 2],
cent[i, 1], cent[i, 2] + serr[i, 2],
col = cols[i], code = 3, angle = 90, length = 0.05)
}
