寻找非适当的公式

我试图为R中的数据计算非线性回归。我无法找到合适的公式和参数值。

我的数据如下所示:

在这里输入图像描述

我一直在使用我认为合适的nls和nlrq函数,但我认为我指定的公式并不合适。 我已经尝试了指数衰减函数y ~ ab^xy ~ c + a*b^x ,但是由此产生的回归线根本看起来不正确。

不幸的是,我不知道哪种配方是合适的。 我已经通过一些教程来拟合非线性回归,但他们都是从一个初始公式开始的,这个初始公式似乎适合他们的数据集。 这里的指导将非常受欢迎,特别是如果有人能推荐一个开始的公式。

数据的一个子集:

GENE    Mean_score  Snps_per_gene
X1  0.1 3
X2  0.1466666667    30
X3  0.1375  8
X4  0.24    5
X5  0.2625  8
X6  0.2 1
X7  0.1466666667    15
X8  0.2 1
X9  0.1666666667    9
X10 0.1 1
X11 0.1928571429    14
X12 0.1 2
X13 0.1545454545    11
X14 0.1333333333    3
X15 0.1666666667    3
X16 0.2117647059    34
X17 0.1452380952    42
X18 0.16    5
X19 0.2 1
X20 0.25    2
X21 0.125   4
X22 0.2 13
X23 0.1714285714    7
X24 0.15    6
X25 0.2 3
X26 0.2894736842    19
X27 0.2352941176    17
X28 0.1333333333    6
X29 0.12    5
X30 0.2 3
X31 0.1 1
X32 0.1571428571    7
X33 0.2125  8
X34 0.18125 16
X35 0.26    10
X36 0.1368421053    19
X37 0.1333333333    6
X38 0.15    2
X39 0.14    5
X40 0.18    15
X41 0.14    5
X42 0.3 1
X43 0.1 2
X44 0.1 6
X45 0.1 4
X46 0.1 1
X47 0.1333333333    3
X48 0.1166666667    6
X49 0.225   4
X50 0.2 15
X51 0.125   12
X52 0.1 3
X53 0.1714285714    14
X54 0.175   4
X55 0.3404761905    42
X56 0.1 1
X57 0.25    2
X58 0.15    4
X59 0.1 1
X60 0.1666666667    3
X61 0.3 2
X62 0.225   4
X63 0.3076923077    13
X64 0.1 1
X65 0.1666666667    3
X66 0.1666666667    6
X67 0.1 3
X68 0.1 3
X69 0.1166666667    6
X70 0.125   8
X71 0.2 1
X72 0.2 2
X73 0.1333333333    42
X74 0.1 1
X75 0.2 8
X76 0.1444444444    9
X77 0.1666666667    15
X78 0.1 2
X79 0.176744186 43
X80 0.1275  40
X81 0.1666666667    3
X82 0.125   4
X83 0.2545454545    11
X84 0.1304347826    46
X85 0.21    10
X86 0.1571428571    7
X87 0.3 9
X88 0.275   16
X89 0.11    10
X90 0.1333333333    6
X91 0.2333333333    3
X92 0.2 2
X93 0.2866666667    15
X94 0.25    2
X95 0.1125  8
X96 0.4 11
X97 0.1 1
X98 0.2 2
X99 0.15    2
X100    0.1625  8
X101    0.24    5
X102    0.175   4
X103    0.15    4
X104    0.1333333333    3
X105    0.4 2
X106    0.2 3
X107    0.25    2
X108    0.32    5
X109    0.2333333333    3
X110    0.1714285714    7
X111    0.2 1
X112    0.225   4
X113    0.2 1
X114    0.1714285714    7
X115    0.15    2
X116    0.1166666667    6
X117    0.16875 16
X118    0.1555555556    9
X119    0.15    6
X120    0.12    5
X121    0.1 1
X122    0.1333333333    6
X123    0.2333333333    3
X124    0.1 1
X125    0.2333333333    3
X126    0.1333333333    3
X127    0.1 1
X128    0.1827586207    29
X129    0.25    8
X130    0.2 7
X131    0.25    6
X132    0.1 1
X133    0.125   4
X134    0.2 1
X135    0.1666666667    3
X136    0.1 3
X137    0.12    5
X138    0.1 1
X139    0.175   4
X140    0.1 1
X141    0.1666666667    3
X142    0.1666666667    3
X143    0.1 1
X144    0.1375  8
X145    0.1 9
X146    0.1 2
X147    0.125   4
X148    0.1333333333    3
X149    0.1769230769    13
X150    0.15    2
X151    0.1214285714    14
X152    0.1 1
X153    0.2555555556    18
X154    0.2 1
X155    0.1 1
X156    0.1 1
X157    0.1 1
X158    0.4 1
X159    0.14    5
X160    0.1 2
X161    0.1333333333    3
X162    0.375   8
X163    0.2263157895    19
X164    0.1636363636    11
X165    0.3 1
X166    0.1 3
X167    0.2 1
X168    0.3 1
X169    0.1428571429    7
X170    0.1 2
X171    0.1222222222    9
X172    0.1 8
X173    0.1 5
X174    0.1 8
X175    0.1666666667    3
X176    0.2 5
X177    0.1 4
X178    0.1166666667    6
X179    0.15    2
X180    0.3666666667    3
X181    0.25    4
X182    0.1 1
X183    0.1 2
X184    0.1 1
X185    0.1 1
X186    0.1 1
X187    0.184   25
X188    0.2333333333    3
X189    0.2333333333    3
X190    0.1 2
X191    0.32    5
X192    0.1 2
X193    0.12    5
X194    0.1 5
X195    0.2 1
X196    0.1 6
X197    0.1 2
X198    0.4 1
X199    0.2 2
X200    0.1 2
X201    0.2 1
X202    0.2333333333    6
X203    0.35    2
X204    0.1 1
X205    0.12    5
X206    0.14    5
X207    0.125   4
X208    0.3333333333    3
X209    0.1 2
X210    0.1 3
X211    0.1 1
X212    0.2 4
X213    0.15    8
X214    0.125   4
X215    0.1548387097    31
X216    0.2 7
X217    0.225   4
X218    0.125   4
X219    0.15    2
X220    0.4 1
X221    0.275   4
X222    0.325   4
X223    0.2 3
X224    0.175   4
X225    0.3 1
X226    0.1 1
X227    0.19    10
X228    0.25    4
X229    0.2666666667    9
X230    0.1 1
X231    0.2 1
X232    0.3 1
X233    0.2166666667    6
X234    0.26    5
X235    0.225   4
X236    0.1 1
X237    0.1857142857    7
X238    0.58    5
X239    0.25    10
X240    0.6066666667    15
X241    0.3 1
X242    0.5 2
X243    0.2333333333    3
X244    0.25    2
X245    0.1 4
X246    0.1 1
X247    0.1714285714    7
X248    0.16875 16
X249    0.2 1
X250    0.4 3
X251    0.1 1
X252    0.1666666667    6
X253    0.2 6
X254    0.3166666667    12
X255    0.1 1
X256    0.1 2
X257    0.4 1
X258    0.1333333333    3
X259    0.225   4
X260    0.2571428571    7
X261    0.4 5
X262    0.15    10
X263    0.1571428571    7
X264    0.2 11
X265    0.2285714286    7
X266    0.15    4
X267    0.3 1
X268    0.1384615385    13
X269    0.1 4
X270    0.1 1
X271    0.16    5
X272    0.1285714286    7
X273    0.1 1
X274    0.2222222222    9
X275    0.2083333333    12
X276    0.2153846154    13
X277    0.1888888889    9
X278    0.1 1
X279    0.1 2
X280    0.3 2
X281    0.17    10
X282    0.1 5
X283    0.2833333333    6
X284    0.1333333333    6
X285    0.1833333333    6
X286    0.1833333333    12
X287    0.1953488372    43
X288    0.2526315789    19
X289    0.1 1
X290    0.125   4
X291    0.26    5
X292    0.1 2
X293    0.2578947368    19
X294    0.2545454545    11
X295    0.1 1
X296    0.3666666667    3
X297    0.1714285714    7
X298    0.1833333333    6
X299    0.16    5
X300    0.2733333333    15
X301    0.275   4
X302    0.1 1
X303    0.2 7
X304    0.1583333333    12
X305    0.1666666667    3
X306    0.1 1
X307    0.1 6
X308    0.1642857143    14
X309    0.1 1
X310    0.1606060606    33
X311    0.1428571429    7
X312    0.1888888889    9
X313    0.2 2
X314    0.1388888889    18
X315    0.35    2
X316    0.3 2
X317    0.1 4
X318    0.15    16
X319    0.1166666667    12
X320    0.1888888889    9
X321    0.16    5
X322    0.2333333333    3
X323    0.1857142857    14
X324    0.31    20
X325    0.2 1
X326    0.1 1
X327    0.1952380952    21
X328    0.215625    32
X329    0.1 1
X330    0.1 1
X331    0.1307692308    13
X332    0.1 4
X333    0.1666666667    3
X334    0.2 14
X335    0.1583333333    12
X336    0.1961538462    26
X337    0.2222222222    9
X338    0.1 3
X339    0.1 2
X340    0.1285714286    14
X341    0.175   4
X342    0.125   4
X343    0.1 4
X344    0.1428571429    7
X345    0.1 4
X346    0.1 2
X347    0.15    2
X348    0.25    4
X349    0.22    5
X350    0.1 2
X351    0.1 3
X352    0.14    10
X353    0.1666666667    18
X354    0.1333333333    3
X355    0.2 3
X356    0.16    5
X357    0.3 1
X358    0.175   4
X359    0.5 1
X360    0.1111111111    9
X361    0.2333333333    6
X362    0.175   4
X363    0.227027027 37
X364    0.3857142857    7
X365    0.1 2
X366    0.2 3
X367    0.1916666667    12
X368    0.1428571429    14
X369    0.2666666667    3
X370    0.2 9
X371    0.25    2
X372    0.2 1
X373    0.1 2
X374    0.225   4
X375    0.1 1
X376    0.1 3
X377    0.3 2
X378    0.1 1
X379    0.1545454545    11
X380    0.1730769231    52
X381    0.1 3
X382    0.1333333333    3
X383    0.1814814815    27
X384    0.108   25
X385    0.2666666667    6
X386    0.1666666667    3
X387    0.25    8
X388    0.225   4
X389    0.24    25
X390    0.2666666667    6
X391    0.1 2
X392    0.15    4
X393    0.1666666667    6
X394    0.1 1
X395    0.2375  8
X396    0.125   4
X397    0.1 7
X398    0.1 7
X399    0.1 4
X400    0.1 2
X401    0.1625  8
X402    0.3 1
X403    0.3 2
X404    0.25    4
X405    0.2 1
X406    0.1285714286    7
X407    0.15    8
X408    0.5 1
X409    0.1 1
X410    0.1285714286    7
X411    0.1 1
X412    0.2166666667    30
X413    0.22    5
X414    0.2714285714    14
X415    0.1214285714    14
X416    0.2 8
X417    0.28    5
X418    0.24    35
X419    0.15    4
X420    0.1333333333    12
X421    0.125   4
X422    0.1 1
X423    0.1666666667    3
X424    0.2111111111    9
X425    0.3 4
X426    0.2 2
X427    0.2 3
X428    0.1 1
X429    0.1 1
X430    0.1617021277    47
X431    0.15    8
X432    0.1142857143    14
X433    0.15    4
X434    0.1384615385    13
X435    0.1 2
X436    0.1166666667    12
X437    0.1714285714    14
X438    0.2416666667    12
X439    0.1 1
X440    0.1428571429    7
X441    0.1 1
X442    0.1416666667    12
X443    0.3333333333    6
X444    0.2 1
X445    0.14    5
X446    0.2 3
X447    0.225   28
X448    0.1571428571    14
X449    0.1 1
X450    0.1583333333    12
X451    0.1518518519    27
X452    0.1363636364    11
X453    0.2 1
X454    0.1666666667    6
X455    0.1 1
X456    0.1333333333    3
X457    0.2368421053    19
X458    0.1222222222    9
X459    0.15    2
X460    0.2 1
X461    0.1625  24
X462    0.2 6
X463    0.1666666667    3
X464    0.1 3
X465    0.3 8
X466    0.1523809524    21
X467    0.1 3
X468    0.1 3
X469    0.15    4
X470    0.1 1
X471    0.1642857143    28
X472    0.1 5
X473    0.1 2
X474    0.12    15
X475    0.1 3
X476    0.1090909091    11
X477    0.1346153846    26
X478    0.125   4
X479    0.1444444444    9
X480    0.2 1
X481    0.1 1
X482    0.1 3
X483    0.2 3
X484    0.1375  8
X485    0.1 4
X486    0.12    5
X487    0.1739130435    23
X488    0.25    2
X489    0.1333333333    6
X490    0.3 1
X491    0.225   20
X492    0.175   4
X493    0.1 3
X494    0.1222222222    9
X495    0.1 1
X496    0.175   4
X497    0.2333333333    6
X498    0.1615384615    13
X499    0.15    8
X500    0.1666666667    6
X501    0.2 2
X502    0.1777777778    9
X503    0.15    4
X504    0.2666666667    3
X505    0.1 4
X506    0.1222222222    9
X507    0.15    2
X508    0.2 3
X509    0.1333333333    15
X510    0.14    5
X511    0.1 1
X512    0.4 1
X513    0.2125  8
X514    0.36    5
X515    0.34    5
X516    0.4 1
X517    0.1428571429    7
X518    0.3333333333    3
X519    0.1 3
X520    0.2277777778    18
X521    0.1916666667    12
X522    0.2 4
X523    0.1857142857    7
X524    0.1 2
X525    0.1 5
X526    0.2222222222    9
X527    0.1818181818    11
X528    0.2151515152    33
X529    0.1 3
X530    0.1214285714    14
X531    0.2 1
X532    0.1 2
X533    0.1 3
X534    0.1166666667    12
X535    0.1 2
X536    0.1 2
X537    0.1 1
X538    0.2379310345    29
X539    0.175   4
X540    0.1363636364    11
X541    0.1 1
X542    0.1479166667    48
X543    0.1928571429    28
X544    0.4 1
X545    0.1951219512    41
X546    0.1333333333    3
X547    0.15    4
X548    0.2833333333    6
X549    0.1547619048    42
X550    0.1555555556    9
X551    0.2363636364    11
X552    0.2142857143    7
X553    0.5 1
X554    0.15    4
X555    0.1709677419    31
X556    0.17    10
X557    0.1 2
X558    0.2866666667    15
X559    0.4 2
X560    0.15    2
X561    0.1424242424    66
X562    0.25    2
X563    0.1 3
X564    0.1285714286    7
X565    0.12    5
X566    0.25    4
X567    0.2263157895    19
X568    0.1 12
X569    0.1666666667    6
X570    0.5 1
X571    0.147826087 23
X572    0.1 1
X573    0.1818181818    11
X574    0.2 2
X575    0.15    2
X576    0.2 3
X577    0.16    15
X578    0.1621621622    37
X579    0.1333333333    3
X580    0.1333333333    12
X581    0.18    5
X582    0.1534482759    58
X583    0.1538461538    26
X584    0.1 9
X585    0.2142857143    7
X586    0.1 1
X587    0.1222222222    9
X588    0.1 1
X589    0.1 3
X590    0.1 6
X591    0.15    2
X592    0.1 2
X593    0.3 1
X594    0.1285714286    21
X595    0.2 2
X596    0.12    5
X597    0.1 1
X598    0.1 1
X599    0.1 2
X600    0.1153846154    13
X601    0.1 15
X602    0.1 1
X603    0.1 1
X604    0.1 4
X605    0.15    10
X606    0.15    4
X607    0.15    4
X608    0.2 1
X609    0.14    5
X610    0.2 1
X611    0.1 2
X612    0.1 3
X613    0.125   4
X614    0.172   25
X615    0.2 4
X616    0.1727272727    11
X617    0.2090909091    22
X618    0.1333333333    3
X619    0.1 7
X620    0.15    4
X621    0.1181818182    11
X622    0.1375  8
X623    0.1666666667    3
X624    0.1 3
X625    0.1090909091    11
X626    0.125   8
X627    0.1 2
X628    0.12    5
X629    0.1 8
X630    0.13    40
X631    0.1666666667    3
X632    0.34    5
X633    0.1714285714    7
X634    0.1636363636    11
X635    0.1 1
X636    0.1 1
X637    0.18125 16
X638    0.2 4
X639    0.2 8
X640    0.1 2
X641    0.1 1
X642    0.1166666667    6
X643    0.2 1
X644    0.6 1
X645    0.2666666667    9
X646    0.2666666667    3
X647    0.2 2
X648    0.1 2
X649    0.1 1
X650    0.1 2
X651    0.1 1
X652    0.125   4
X653    0.15    2
X654    0.1 1
X655    0.1 1
X656    0.35    4
X657    0.2666666667    3
X658    0.1 2
X659    0.1 1
X660    0.2 1
X661    0.1 2
X662    0.1 2
X663    0.1333333333    3
X664    0.1 2
X665    0.1 1
X666    0.225   4
X667    0.1666666667    6
X668    0.1 2
X669    0.1 3
X670    0.175   4
X671    0.1 3
X672    0.15    4
X673    0.1666666667    3
X674    0.1 3
X675    0.175   4
X676    0.25    8
X677    0.25    4
X678    0.2571428571    7
X679    0.1 1
X680    0.2571428571    7
X681    0.208   25
X682    0.325   12
X683    0.1 1
X684    0.25    2
X685    0.1 2
X686    0.3047619048    21
X687    0.24    5
X688    0.15    6
X689    0.1333333333    6
X690    0.3 1
X691    0.1 1
X692    0.15    2
X693    0.23    20
X694    0.2 2
X695    0.1666666667    6
X696    0.1342857143    35
X697    0.25    6
X698    0.2 8
X699    0.2 5
X700    0.5 1
X701    0.1333333333    6
X702    0.3 1
X703    0.15    2
X704    0.15    2
X705    0.1833333333    6
X706    0.15    6
X707    0.1493506494    77
X708    0.36    5
X709    0.3 2
X710    0.15    2
X711    0.38    5
X712    0.2666666667    3
X713    0.25    4
X714    0.225   4
X715    0.5 1
X716    0.1 2
X717    0.16    5
X718    0.3 2
X719    0.3538461538    13
X720    0.1 2
X721    0.175   4
X722    0.22    5
X723    0.175   4
X724    0.2333333333    6
X725    0.34    5
X726    0.2 7
X727    0.1 1
X728    0.3 3
X729    0.1 1
X730    0.1 3
X731    0.3 5
X732    0.35    6
X733    0.2875  8
X734    0.1 1
X735    0.1 2
X736    0.2 5
X737    0.1714285714    7
X738    0.375   4
X739    0.1 4
X740    0.3 1
X741    0.1 1
X742    0.1142857143    7
X743    0.1 1
X744    0.2285714286    7
X745    0.14    5
X746    0.15    6
X747    0.1 1
X748    0.125   4
X749    0.1666666667    6
X750    0.125   8
X751    0.1 1
X752    0.15    2
X753    0.2 1
X754    0.225   4
X755    0.3 1
X756    0.3 5
X757    0.175   4
X758    0.1 3
X759    0.1333333333    18
X760    0.1230769231    13
X761    0.2 1
X762    0.11    10
X763    0.1666666667    6
X764    0.1 1
X765    0.2090909091    11
X766    0.145   20
X767    0.14    5
X768    0.2375  8
X769    0.1571428571    7
X770    0.1 1
X771    0.1 2
X772    0.2 2
X773    0.16    5
X774    0.2 1
X775    0.1777777778    9
X776    0.1210526316    19
X777    0.2 1
X778    0.225   12
X779    0.1666666667    3
X780    0.1 6
X781    0.2333333333    6
X782    0.1692307692    13
X783    0.19    10
X784    0.2 3
X785    0.1489361702    47
X786    0.2 5
X787    0.45    2
X788    0.1666666667    6
X789    0.18    5
X790    0.3 1
X791    0.2 2
X792    0.11    10
X793    0.3333333333    3
X794    0.25    2
X795    0.2 1
X796    0.25    2
X797    0.2 2
X798    0.2 1
X799    0.1 3
X800    0.1333333333    18
X801    0.1473684211    19
X802    0.2 5
X803    0.14    5
X804    0.125   4
X805    0.1583333333    12
X806    0.1857142857    7
X807    0.1 1
X808    0.2 1
X809    0.1769230769    26
X810    0.1 1
X811    0.1 2
X812    0.1833333333    6
X813    0.1409090909    22
X814    0.1416666667    24
X815    0.1307692308    13
X816    0.1235294118    17
X817    0.1 1
X818    0.1 1
X819    0.18    30
X820    0.2514285714    35
X821    0.18    5
X822    0.2 4
X823    0.1 1
X824    0.2333333333    9
X825    0.1222222222    9
X826    0.15    2
X827    0.14    5
X828    0.1588235294    51
X829    0.15    2
X830    0.2 4
X831    0.1 2
X832    0.1391304348    23
X833    0.18    20
X834    0.15    2
X835    0.3 1
X836    0.1 8
X837    0.1666666667    9
X838    0.1954545455    22
X839    0.225   16
X840    0.1222222222    9
X841    0.1210526316    19
X842    0.1 2
X843    0.1 2
X844    0.125   4
X845    0.1 4
X846    0.1 1
X847    0.2 2
X848    0.275   4
X849    0.1 3
X850    0.2833333333    6
X851    0.175   4
X852    0.32    5
X853    0.1 1
X854    0.1428571429    7
X855    0.2277777778    18
X856    0.15    8
X857    0.12    5
X858    0.1 2
X859    0.175   4
X860    0.18    5
X861    0.16    5
X862    0.2333333333    6
X863    0.1 1
X864    0.3333333333    3
X865    0.1 2
X866    0.15    12
X867    0.1636363636    11
X868    0.4 1
X869    0.4 1
X870    0.1 3
X871    0.1555555556    9
X872    0.2 1
X873    0.3 1
X874    0.2 2
X875    0.15    12
X876    0.1 1
X877    0.1181818182    11
X878    0.1428571429    7
X879    0.1461538462    13
X880    0.3076923077    13
X881    0.2 2
X882    0.3 1
X883    0.205   20
X884    0.2 5
X885    0.1333333333    3
X886    0.15    2
X887    0.25    2
X888    0.15    4
X889    0.3 1
X890    0.125   4
X891    0.1875  8
X892    0.1428571429    7
X893    0.2333333333    3
X894    0.1 2
X895    0.1 1
X896    0.35    6
X897    0.1444444444    9
X898    0.2 2
X899    0.3 1
X900    0.1 2
X901    0.1 1
X902    0.25    2
X903    0.1 1
X904    0.1 1
X905    0.7 1
X906    0.2 1
X907    0.45    4
X908    0.25    2
X909    0.15    4
X910    0.1 2
X911    0.4 13
X912    0.1 2
X913    0.1842105263    19
X914    0.1 1
X915    0.1333333333    3
X916    0.2 2
X917    0.1 7
X918    0.1 1
X919    0.225   4
X920    0.2 1
X921    0.2 3
X922    0.18    5
X923    0.1 1
X924    0.1875  8
X925    0.2833333333    6
X926    0.5 3
X927    0.2 1
X928    0.1 1
X929    0.1 2
X930    0.2 3
X931    0.4 1
X932    0.2875  16
X933    0.1857142857    7
X934    0.1 1
X935    0.2 2
X936    0.1 1
X937    0.2 13
X938    0.2444444444    9
X939    0.1 1
X940    0.1714285714    7
X941    0.3 1
X942    0.1 1
X943    0.2857142857    7
X944    0.15    2
X945    0.1 1
X946    0.15625 16
X947    0.1666666667    3
X948    0.3 1
X949    0.2 2
X950    0.1 8
X951    0.1 1
X952    0.1 3
X953    0.3 1
X954    0.3 1
X955    0.1 3
X956    0.1125  8
X957    0.18    5
X958    0.2666666667    3
X959    0.2 1
X960    0.125   4
X961    0.1333333333    3
X962    0.2444444444    9
X963    0.25    10
X964    0.25    4
X965    0.2 1
X966    0.225   4
X967    0.1625  8
X968    0.1333333333    3
X969    0.1333333333    3
X970    0.1 1
X971    0.2 7
X972    0.3 10
X973    0.1 1
X974    0.3 2
X975    0.225   4
X976    0.1 1
X977    0.1 2
X978    0.4 1
X979    0.1333333333    3
X980    0.1333333333    9
X981    0.13125 16
X982    0.1 1
X983    0.2 1
X984    0.1782608696    23
X985    0.2225806452    31
X986    0.15    4
X987    0.1 3
X988    0.1 3
X989    0.15    4
X990    0.2285714286    14
X991    0.2384615385    26
X992    0.4 1
X993    0.4 2
X994    0.1 1
X995    0.1 1
X996    0.1666666667    3
X997    0.1 6
X998    0.13    20
X999    0.2666666667    3

当我使用y ~ c + a*b^x ,执行以下操作:

#try to fit the model
fit_regression <-nlrq(Data$mean_score ~ c + a*b^Data$Snps_per_gene, data=Data, start=list(a=0.1,b=0.5, c=1))
#plot regression
lines(Data$Snps_per_gene, predict(fit_regression, newdata=Data$Snps_per_gene), lty=2, col = "red")

它看起来像这样:

在这里输入图像描述

我还没有弄清楚它为什么会出现多行。

提前感谢你的帮助。

根据反馈,我尝试使用此代码绘制回归:

    #first the data is sorted
    Data <- Data[order(Snps_per_gene),]

    pframe <- data.frame(total=seq(0,8000,length=21811))
    pframe$val <- predict(fitquant, newdata=pframe)
    with(pframe,lines(total, val, lty=2, col = "red"))

结果是:

在这里输入图像描述

这看起来像是一条实际的回归线,但曲线的斜率表明该公式或参数可能不适合数据。


为了绘制结果,你需要类似的东西

pframe <- data.frame(total=seq(0,8000,length=201))
pframe$val <- predict(fitquant, newdata=pframe)
with(pframe,lines(total, val, lty=2, col = "red")

如果您只是用原始值进行预测,那么该线会反复出现,因为它们无序。 您可以对它们进行排序,但如果您只想绘制一条平滑的线条,则您可能不需要对每个值进行预测......

我使用上面给出的子集数据做了更多的探索。 我用ggplot和各种非参​​数回归选项(左边的广义相加模型,右边的黄土)。 根据这些图,实际上看起来并没有多少模式的意思......它也似乎基于左侧图中离散性的模式,这里的一些异方差可能是由二项式或准二项式驱动的,二项式过程(例如,当每个基因的SNP很少时,比例通常以0.1,0.2,...的间隔下降)

dd <- read.table("SO33312712.dat",header=TRUE)
library(ggplot2); theme_set(theme_bw())
library(viridis)
library(gridExtra) ## for grid.arrange
library(scales)  ## for squish
g0 <- ggplot(dd,aes(Snps_per_gene,Mean_score))
g1A <- g0 + stat_sum(alpha=0.5)+scale_size(range=c(3,10))+
    geom_smooth(method="gam",formula=y~s(x,k=30))+
        geom_vline(xintercept=5,colour="red")
g1B <- g0 +geom_hex()+
    scale_fill_viridis()+
        geom_smooth()+
            scale_y_continuous(limit=c(0.1,0.7),oob=squish)
png("snps.png",width=960,height=480)
grid.arrange(g1A,g1B,nrow=1)

在这里输入图像描述

链接地址: http://www.djcxy.com/p/30945.html

上一篇: Finding appropriate formula for non

下一篇: Many linear regressions