如何处理R igraph中的非常大的双峰边界列表?
有没有一种建议的方法来处理igraph中的大型网络? 我有一个双列边缘列表,大于1.5M行。
它看起来像这样:
人员实体
1006542 2074562
1006542 2024740
1009621 2053211
我想将其转换为单峰网络,以便我可以计算节点中心性度量。 我正在尝试使用igraph的双向投影功能。 我的机器(具有32GB RAM的x64)无法处理它,我的Amazon EC2实例也无法处理64GB的RAM。
这是我的代码
library(igraph)
huge <- read.csv(file.choose(), header=T)
biModal <- graph.data.frame(huge, directed = FALSE)
V(biModal)$type <-V(biModal)$name %in% huge[,1] #I want the Person column
summary(biModal)
IGRAPH f9a412d UN-B 1040327 1535552 - + attr:name(v / c),type(v / l)
unimode <- bipartite.projection(biModal, which=TRUE)
我意识到由此产生的矩阵是巨大而稀疏的。 我已经看过bigmemory和ff,但都不能用于igraph。 我觉得有一些我可以忽略的东西。 我通常不会与这么大的网络合作,但似乎这将是一个常见问题。
链接地址: http://www.djcxy.com/p/31869.html上一篇: How to handle very large bimodal edge list in R igraph?
下一篇: After a certain point, my R program suddenly slows to a crawl. Why?