如何在iPython笔记本中调用使用argparse编写的模块

我试图在iPython的笔记本环境中将BioPython序列传递给Ilya Stepanov在Ukkonen后缀树算法中的实现。 我在argparse组件上磕磕绊绊。

我从来没有必须直接处理argparse。 如何在不重写main（）的情况下使用它？

由此，这个Ukkonen算法的写法非常棒。

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我以前有类似的问题，但使用optparse而不是argparse 。

您不需要更改原始脚本中的任何内容，只需将如下所示的新列表分配给sys.argv ：

if __name__ == "__main__":
    from Bio import SeqIO
    path = '/path/to/sequences.txt'
    sequences = [str(record.seq) for record in  SeqIO.parse(path, 'fasta')]
    sys.argv = ['-f'] + sequences
    main()

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在Ipython笔记本中使用argparse的替代方法是将字符串传递给：

args = parser.parse_args() （您引用的git args = parser.parse_args()第303行）。

会是这样的：

parser = argparse.ArgumentParser(
        description='Searching longest common substring. '
                    'Uses Ukkonen's suffix tree algorithm and generalized suffix tree. '
                    'Written by Ilya Stepanov (c) 2013')

parser.add_argument(
        'strings',
        metavar='STRING',
        nargs='*',
        help='String for searching',
    )

parser.add_argument(
        '-f',
        '--file',
        help='Path for input file. First line should contain number of lines to search in'
    )

和

args = parser.parse_args("AAA --file /path/to/sequences.txt".split())

编辑：它的工作

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我最终使用BioPython来提取序列，然后编辑Ilya Steanov的实现来删除argparse方法。

import imp
seqs = []
lcsm = imp.load_source('lcsm', '/path/to/ukkonen.py')
for record in SeqIO.parse('/path/to/sequences.txt', 'fasta'):
    seqs.append(record)
lcsm.main(seqs)

对于算法，我有main()接受一个参数，他的strings变量，但是这会向算法发送一个特殊的BioPython序列对象列表，这是re模块不喜欢的。 所以我不得不提取序列字符串

suffix_tree.append_string(s)

至

suffix_tree.append_string(str(s.seq))

这看起来很脆弱，但这就是我现在所拥有的一切。

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