我如何查看函数的源代码？
我想看看函数的源代码，看看它是如何工作的。 我知道我可以通过在提示符处输入它的名字来打印一个函数：
> t
function (x)
UseMethod("t")
<bytecode: 0x2332948>
<environment: namespace:base>
在这种情况下， UseMethod("t")是什么意思？ 我如何找到实际使用的源代码，例如： t(1:10) ？
在其他情况下，我可以看到R函数被调用，但我找不到这些函数的源代码。
> ts.union
function (..., dframe = FALSE)
.cbind.ts(list(...), .makeNamesTs(...), dframe = dframe, union = TRUE)
<bytecode: 0x36fbf88>
<environment: namespace:stats>
> .cbindts
Error: object '.cbindts' not found
> .makeNamesTs
Error: object '.makeNamesTs' not found
我如何找到.cbindts和.makeNamesTs等功能？
在其他情况下，有一些R代码，但大部分工作似乎在其他地方完成。
> matrix
function (data = NA, nrow = 1, ncol = 1, byrow = FALSE, dimnames = NULL)
{
if (is.object(data) || !is.atomic(data))
data <- as.vector(data)
.Internal(matrix(data, nrow, ncol, byrow, dimnames, missing(nrow),
missing(ncol)))
}
<bytecode: 0x134bd10>
<environment: namespace:base>
> .Internal
function (call) .Primitive(".Internal")
> .Primitive
function (name) .Primitive(".Primitive")
我如何知道.Primitive函数的作用？ 同样，一些函数调用.C ， .Call ， .Fortran ， .External ，或.Internal 。 我如何找到这些源代码？
UseMethod("t")告诉你t()是一个（S3）泛型函数，它具有用于不同对象类的方法。
S3方法调度系统
对于S3类，可以使用methods函数列出特定通用函数或类的方法。
> methods(t)
[1] t.data.frame t.default t.ts*
Non-visible functions are asterisked
> methods(class="ts")
[1] aggregate.ts as.data.frame.ts cbind.ts* cycle.ts*
[5] diffinv.ts* diff.ts kernapply.ts* lines.ts
[9] monthplot.ts* na.omit.ts* Ops.ts* plot.ts
[13] print.ts time.ts* [<-.ts* [.ts*
[17] t.ts* window<-.ts* window.ts*
Non-visible functions are asterisked
“不可见函数被星号标记”表示函数不从其包的名称空间导出。 您仍然可以通过:::函数（即stats:::t.ts ）或使用getAnywhere()查看其源代码。 getAnywhere()很有用，因为您不必知道函数来自哪个包。
> getAnywhere(t.ts)
A single object matching ‘t.ts’ was found
It was found in the following places
registered S3 method for t from namespace stats
namespace:stats
with value
function (x)
{
cl <- oldClass(x)
other <- !(cl %in% c("ts", "mts"))
class(x) <- if (any(other))
cl[other]
attr(x, "tsp") <- NULL
t(x)
}
<bytecode: 0x294e410>
<environment: namespace:stats>
S4方法调度系统
S4系统是一种较新的方法调度系统，是S3系统的替代方案。 这是一个S4函数的例子：
> library(Matrix)
Loading required package: lattice
> chol2inv
standardGeneric for "chol2inv" defined from package "base"
function (x, ...)
standardGeneric("chol2inv")
<bytecode: 0x000000000eafd790>
<environment: 0x000000000eb06f10>
Methods may be defined for arguments: x
Use showMethods("chol2inv") for currently available ones.
输出已经提供了很多信息。 standardGeneric是S4函数的一个指标。 有助于看到定义的S4方法的方法：
> showMethods(chol2inv)
Function: chol2inv (package base)
x="ANY"
x="CHMfactor"
x="denseMatrix"
x="diagonalMatrix"
x="dtrMatrix"
x="sparseMatrix"
getMethod可以用来查看其中一个方法的源代码：
> getMethod("chol2inv", "diagonalMatrix")
Method Definition:
function (x, ...)
{
chk.s(...)
tcrossprod(solve(x))
}
<bytecode: 0x000000000ea2cc70>
<environment: namespace:Matrix>
Signatures:
x
target "diagonalMatrix"
defined "diagonalMatrix"
例如，每种方法也有更复杂的签名方法
require(raster)
showMethods(extract)
Function: extract (package raster)
x="Raster", y="data.frame"
x="Raster", y="Extent"
x="Raster", y="matrix"
x="Raster", y="SpatialLines"
x="Raster", y="SpatialPoints"
x="Raster", y="SpatialPolygons"
x="Raster", y="vector"
要查看这些方法之一的源代码，必须提供整个签名，例如
getMethod("extract" , signature = c( x = "Raster" , y = "SpatialPolygons") )
提供部分签名是不够的
getMethod("extract",signature="SpatialPolygons")
#Error in getMethod("extract", signature = "SpatialPolygons") :
# No method found for function "extract" and signature SpatialPolygons
调用未导出函数的函数
在ts.union的情况下， .cbindts和.makeNamesTs是来自stats名称空间的未导出函数。 您可以使用:::运算符或getAnywhere来查看未导出函数的源代码。
> stats:::.makeNamesTs
function (...)
{
l <- as.list(substitute(list(...)))[-1L]
nm <- names(l)
fixup <- if (is.null(nm))
seq_along(l)
else nm == ""
dep <- sapply(l[fixup], function(x) deparse(x)[1L])
if (is.null(nm))
return(dep)
if (any(fixup))
nm[fixup] <- dep
nm
}
<bytecode: 0x38140d0>
<environment: namespace:stats>
调用编译代码的函数
请注意，“编译”不会引用由编译器包创建的字节编译的R代码。 上述输出中的<bytecode: 0x294e410>行表示该函数是字节编译的，您仍然可以从R命令行查看源文件。
调用函数.C ， .Call ， .Fortran ， .External ， .Internal ，或.Primitive在编译的代码调用入口点，所以你必须看看编译代码的来源，如果你想充分了解该功能。 这个R源代码的GitHub镜像是一个体面的开始。 函数pryr::show_c_source可以是一个有用的工具，因为它会直接将您带到.Internal和.Primitive调用的GitHub页面。 包可以使用.C ， .Call ， .Fortran和.External ; 但不是.Internal或.Primitive ，因为它们用于调用内置到R解释器中的函数。
调用上述某些函数可能会使用对象而不是字符串来引用编译的函数。 在这些情况下，该对象是类"NativeSymbolInfo" ， "RegisteredNativeSymbol"或"NativeSymbol" ; 并打印对象产生有用的信息。 例如， optim调用.External2(C_optimhess, res$par, fn1, gr1, con) （注意C_optimhess ，而不是"C_optimhess" ）。 optim在stats包中，因此您可以输入stats:::C_optimhess来查看有关正在调用的编译函数的信息。
编译包中的代码
如果你想查看包中的编译代码，你需要下载/解包源代码。 安装的二进制文件不够用。 程序包的源代码可以从最初安装该程序包的相同CRAN（或CRAN兼容）存储库中获得。 download.packages()函数可以为您获取软件包源代码。
download.packages(pkgs = "Matrix",
destdir = ".",
type = "source")
这将下载Matrix版本的源代码包并将相应的.tar.gz文件保存在当前目录中。 已编译函数的源代码可以在未压缩和未压缩文件的src目录中找到。 解压缩和解压缩步骤可以在R之外完成，也可以在R之内使用untar()函数完成。 可以将下载和扩展步骤合并为一次调用（请注意，一次只能下载和解包一个包）：
untar(download.packages(pkgs = "Matrix",
destdir = ".",
type = "source")[,2])
或者，如果软件包开发是公开托管的（例如，通过GitHub，R-Forge或RForge.net），则可以在线浏览源代码。
在基础包中编译代码
某些软件包被视为“基础”软件包。 这些软件包随附R，并且它们的版本被锁定为R的版本。示例包括base ， compiler ， stats和utils 。 因此，如上所述，它们在CRAN上不能作为单独的可下载软件包提供。 相反，它们是/src/library/下独立包目录中R源树的一部分。 下一节将介绍如何访问R源。
编译内置在R解释器中的代码
如果您想查看R解释器的内置代码，您需要下载/解压缩R源代码; 或者您可以通过R Subversion版本库或Winston Chang的github镜像在线查看源代码。
Uwe Ligges的R新闻文章（PDF）（第43页）是如何查看.Internal和.Primitive函数源代码的很好的一般参考。 基本步骤是首先在src/main/names.c查找函数名称，然后在src/main/*文件中搜索“C-entry”名称。
除了这个问题及其重复的其他答案之外，这里有一个获取包函数源代码的好方法，而不需要知道它包含哪个包。例如，如果我们需要randomForest::rfcv()的源代码：
在弹出窗口中查看/编辑它：
edit(getAnywhere('rfcv'), file='source_rfcv.r')
要重定向到一个单独的文件 ：
capture.output(getAnywhere('rfcv'), file='source_rfcv.r')
它在使用debug（）函数进行调试时显示。 假设你想在t（）转置函数中看到底层代码。 只要输入't'，不会透露太多。
>t
function (x)
UseMethod("t")
<bytecode: 0x000000003085c010>
<environment: namespace:base>
但是，使用'调试（函数名）'，它揭示了底层代码，没有内部。
> debug(t)
> t(co2)
debugging in: t(co2)
debug: UseMethod("t")
Browse[2]>
debugging in: t.ts(co2)
debug: {
cl <- oldClass(x)
other <- !(cl %in% c("ts", "mts"))
class(x) <- if (any(other))
cl[other]
attr(x, "tsp") <- NULL
t(x)
}
Browse[3]>
debug: cl <- oldClass(x)
Browse[3]>
debug: other <- !(cl %in% c("ts", "mts"))
Browse[3]>
debug: class(x) <- if (any(other)) cl[other]
Browse[3]>
debug: attr(x, "tsp") <- NULL
Browse[3]>
debug: t(x)
编辑： debugonce（）完成相同，而不必使用undebug（）
链接地址: http://www.djcxy.com/p/4247.html