循环浏览Bash中的文件内容

2018-05-30 11:50:08

如何用Bash迭代文本文件的每一行？

有了这个脚本：

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

我在屏幕上得到这个输出：

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

（后来我想用$ p做一些更复杂的事情，而不是输出到屏幕上。）

环境变量SHELL是（来自env）：

SHELL=/bin/bash

/bin/bash --version输出：

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat /proc/version输出：

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

文件peptides.txt包含：

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

一种方法是：

while read p; do
  echo $p
done <peptides.txt

例外的是，如果循环体可以从标准输入读取，则可以使用不同的文件描述符来打开文件：

while read -u 10 p; do
  ...
done 10<peptides.txt

这里，10只是一个任意数字（与0,1,2不同）。

cat peptides.txt | while read line
do
   # do something with $line here
done

选项1a： While循环：一次一行：输入重定向

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
echo Start
while read p; do 
    echo $p
done < $filename

选项1b： While循环：一次一行：
打开文件，从文件描述符中读取（在这种情况下，文件描述符＃4）。

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
exec 4<$filename
echo Start
while read -u4 p ; do
    echo $p
done

选项2： For循环：将文件读入单个变量并解析。
该语法将基于令牌之间的任何空白区域解析“行”。这仍然有效，因为给定的输入文件行是单一工作记号。如果每行有多个标记，那么这种方法就不适用。另外，将完整文件读入单个变量对于大型文件来说并不是一个好策略。

#!/bin/bash
filename='peptides.txt'
filelines=`cat $filename`
echo Start
for line in $filelines ; do
    echo $line
done

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