dplyr掩盖GGally并打破ggparcoord

 

给定一个新的会话，执行函数文档中提供的一个小ggparcoord（。）示例 

library(GGally)

data(diamonds, package="ggplot2")
diamonds.samp <- diamonds[sample(1:dim(diamonds)[1], 100), ]
ggparcoord(data = diamonds.samp, columns = c(1, 5:10))

结果如下图所示：

在这里输入图像描述

再次，从新鲜的会话开始，并使用加载的dplyr执行相同的脚本 

library(GGally)
library(dplyr)

data(diamonds, package="ggplot2")
diamonds.samp <- diamonds[sample(1:dim(diamonds)[1], 100), ]
ggparcoord(data = diamonds.samp, columns = c(1, 5:10))

结果是：

错误：（列表）对象不能被强制输入'double'

注意，库（）语句的顺序并不重要。

问题

  • 代码示例有问题吗？
  • 有没有办法解决这个问题（通过一些命名空间函数）？
  • 或者这是一个错误？

    • 我需要在更大的分析中使用dplyr和ggparcoord（。），但这个最小的例子反映了我面临的问题。

    版本

  • R @ 3.2.3
  • dplyr @ 0.4.3
  • GGally @ 1.0.1
  • ggplot @ 2.0.0

    • UPDATE

    为了包装乔兰给出的优秀答案：

    答案

  • 代码示例实际上是错误的，因为ggparcoord（。）期望data.frame不是由钻石数据集（如果加载了dplyr）给出的tbl_df。
  • 这个问题通过将tbl_df强制转换为data.frame来解决。
  • 不，这不是一个错误。

    • 工作代码示例： 

    library(GGally)
library(dplyr)

data(diamonds, package="ggplot2")
diamonds.samp <- diamonds[sample(1:dim(diamonds)[1], 100), ]
ggparcoord(data = as.data.frame(diamonds.samp), columns = c(1, 5:10))

    将我的评论转换为答案...

    这里的GGally包使得合理的假设，即使用[数据帧的行为应该总是这样，总是有办法。 然而，这一切都在Hadley-verse中， diamonds数据集是一个tbl_df以及一个数据data.frame 。

    加载dplyr时 ， [的行为被覆盖，使得drop = FALSE始终是tbl_df的默认值。 所以在GGally中有一个地方， data[,"cut"]预计会返回一个向量，但它会返回另一个数据帧。

    ...具体来说，在尝试执行时会在您的示例中抛出错误： 

    data[, fact.var] <- as.numeric(data[, fact.var]).

    由于data[,fact.var]仍然是一个数据框，因此是一个列表， as.numeric将不起作用。

    至于你的结论，这不是一个错误，我会说....也许。 大概。 至少可能没有任何GGally包作者应该做的事来解决它。 你只需要知道，使用tbl_df和非Hadley编写的软件包可能会破坏事情。

    正如你所指出的那样，删除额外的类属性可以解决问题，因为它将R返回到使用普通的[方法。

    解决方法：将ggparcoord的数据ggparcoord为as.data.table(...)或as.data.table(... , keep.rownames=TRUE)除非您想丢失所有rownames。

    原因：根据@ joran的调查，当dplyr被加载时， tbl_df覆盖[因此drop = FALSE。

    解决方案：在GGally上提出拉取请求。

    链接地址: http://www.djcxy.com/p/5227.html

    上一篇: dplyr masks GGally and breaks ggparcoord

    下一篇: How to use loess method in GGally::ggpairs using wrap function