使用networkx / plotly从熊猫数据框创建网络
我试图用一个熊猫数据框来构建一个网络，它有四列，如下所示：
PTDID | PBDID | BTDID | BDDID
PTD000000 | PBD000024 | BTD000264 | BDD000288
PTD000001 | PBD000025 | BTD000264 | BDD000289
PTD000001 | PBD000025 | BTD000264 | BDD000290
PTD000001 | PBD000025 | BTD000264 | BDD000291
PTD000001 | PBD000025 | BTD000264 | BDD000292
PTD000000 | PBD000024 | BTD000264 | BDD000293
...等36k行
我试图用我的数据框重新创建这个例子：https：//plot.ly/python/network-graphs/
但是，我收到'KeyError：0'消息。
我现在的代码：
import pandas as pd
import plotly.plotly as py
from plotly.graph_objs import *
import networkx as nx
import numpy as np
df=pd.read_csv('C:UsersnkurdobDocumentsbdh5.csv')
#get node positions
G=nx.from_pandas_dataframe(df, 'BTDID', 'BDDID', ['PTDID', 'PBDID'])
pos=nx.get_node_attributes(G,'pos')
dmin=1
ncenter=0
for n in pos:
x,y=pos[n]
d=(x-0.5)**2+(y-0.5)**2
if d<dmin:
ncenter=n
dmin=d
p=nx.single_source_shortest_path_length(G,ncenter)
有谁知道如何克服这个错误？ 我认为这条线可能会搞乱它：
G=nx.from_pandas_dataframe(df, 'BTDID', 'BDDID', ['PTDID', 'PBDID'])
但我不知道如何解决它。 我通过下面的示例得到了这个^：http://networkx.readthedocs.io/en/latest/reference/generated/networkx.convert_matrix.from_pandas_dataframe.html
先谢谢你！
纳扎尔
编辑：追溯错误：
runfile（'L：/ Data / Global ID / Nazar / bdh.py'，wdir ='L：/ Data / Global ID / Nazar'）Traceback（最近一次调用最后一次）：
文件“”，第1行，在runfile中（'L：/ Data / Global ID / Nazar / bdh.py'，wdir ='L：/ Data / Global ID / Nazar'）
（filename，namespace）中的文件“C： Users nkurdob AppData Local Continuum Anaconda2 lib site-packages spyderlib widgets externalshell sitecustomize.py”第714行。
在execfile exec（compile（scripttext，filename，'exec'）中的第74行的文件“C： Users nkurdob AppData Local Continuum Anaconda2 lib site-packages spyderlib widgets externalshell sitecustomize.py” ），glob，loc）
文件“L：/ Data / Global ID / Nazar / bdh.py”，第32行，在p = nx.single_source_shortest_path_length（G，ncenter）
文件“C： Users nkurdob AppData Local Continuum Anaconda2 lib site-packages networkx algorithms shortest_paths unweighted.py”，第63行，在single_source_shortest_path_length nextlevel.update（G [v]）＃add诉的邻居
文件“C： Users nkurdob AppData Local Continuum Anaconda2 lib site-packages networkx classes graph.py”，第407行，在getitem中返回self.adj [n]
KeyError：0
看起来你并没有将pos定义为节点属性。 所以当你做pos = nx.get_node_attributes(G,'pos') ，它会变成一个空dict 。
因此for n in pos中的for n in pos循环什么都不做。 所以在循环之后， ncenter仍然是0。 由于你的图没有节点0 ，当你要求它从ncenter找到路径时，你会遇到一个ncenter 。
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