CRAN包装取决于Bioconductor包装安装错误
我管理取决于,建议和导入描述文件。 最后我将我的软件包提交给CRAN
。 但是在安装封装时,它仅安装放置在CRAN
下的封装,不用于bioconductor
封装。 此外,它还具有Mac OS的程序包依赖性错误:检查Mac OS的日志
可能是什么问题呢? 我该如何修复它?
亲切的问候,
没有任何机制可以通过R(默认情况下,默认情况下,Bioconductor可以从Bioconductor安装install.packages()
安装.packages install.packages()
,如果BioC具有repo基础结构以允许它在正确调用时没有检查。 [查看Martin Morgan的评论(下文),其中可以找到有关如何配置R的说明,以便可以从Bioconductor存储库安装install.packages()
。]
要安装Bioconductor软件包通常可以:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("limma")
这需要独立于install.packages()
。
Mac OS X检查错误可能是该特定服务器上的配置错误。 正如@DWin所说的,你应该把它与CRAN结合起来,以解决特定问题的根源。 据我所知,CRAN应该安装所有的Bioconductor软件包。
在R 3.0.2中,以下工作:
setRepositories(ind=1:2)
在撰写本文时,值ind
可以取值为1到8之间的矢量,其含义如下:
1: CRAN
2: BioC software
3: BioC annotation
4: BioC experiment
5: BioC extra
6: Omegahat
7: R-Forge
8: rforge.net
这个列表是通过调用setRepositories(graphics=F)
,它也允许以交互方式选择要从中安装的存储库。
这没有记录在任何地方,但诀窍是你添加一行说biocViews:
在你的DESCRIPTION
文件(是的,它以冒号结尾,然后不需要列出任何东西,你可以保持空白)。 然后R将知道检查bioconductor存储库的包装要求。
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