如何找出在R中加载哪个软件包版本?
我正在研究如何使用我的大学集群。 它有2个版本的R安装。 系统范围R 2.11(Debian 6.0)和R 2.14.2非标准位置。
我正在尝试将MPI与雪一起使用。 我试图运行的代码如下
library(snow)
library(Rmpi)
cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size()-1)
stopCluster(cl)
mpi.quit()
它在R 2.11中没有问题。 (我用mpirun -H localhost,n1,n2,n3,n4 -n 1 R --slave -f code.R
启动脚本mpirun -H localhost,n1,n2,n3,n4 -n 1 R --slave -f code.R
)。 现在,当我尝试使用R 2.14.2进行操作时,我收到以下消息:
Error: This is R 2.11.1, package 'snow' needs >= 2.12.1
In addition: Warning message:
所以看起来R加载了为R 2.11编译的package snow版本。 我已将R 2.14下的雪安装到我的主文件夹中,并将以下行添加到我的代码中:
.libPaths("/soft/R/lib/R/library")
.libPaths("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.11")
print(.libPaths())
print(sessionInfo())
print(version)
错误之前的输出证实我确实运行R 2.14.2,并且我的R packages文件夹首先在搜索路径中。 但我仍然得到错误。
所以我的问题是如何确定在R中加载哪个版本的软件包? 我可以在installed.packages
中看到所有installed.packages
的软件包,所以也许有一些函数列出了加载软件包的类似信息?
你可以使用sessionInfo()
来完成。
> sessionInfo()
R version 2.15.0 (2012-03-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 LC_PAPER=C LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] graphics grDevices utils datasets stats grid methods base
other attached packages:
[1] ggplot2_0.9.0 reshape2_1.2.1 plyr_1.7.1
loaded via a namespace (and not attached):
[1] colorspace_1.1-1 dichromat_1.2-4 digest_0.5.2 MASS_7.3-18 memoise_0.1 munsell_0.3
[7] proto_0.3-9.2 RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.0 stringr_0.6
>
但是,根据下面的评论和答案,有更好的选择
> packageVersion("snow")
[1]'0.3.9'
要么:
"Rmpi" %in% loadedNamespaces()
您可以使用packageVersion
来查看加载的软件包版本
> packageVersion("snow")
[1] ‘0.3.9’
虽然这听起来像你想看看你正在运行什么版本的R,在这种情况下@贾斯汀的sessionInfo
建议是要走的路
你可以尝试这样的事情:
package_version(R.version)
getRversion()