无法使用f2py链接大型PETSc / SLEPc Fortran代码

我正在尝试使用f2py为我的Fortran代码创建一个Python模块，该模块同时使用了PETSc和SLEPc（这个问题与这篇文章非常相关，但是那里的讨论无法解决我的问题 - 请参阅此底部的注释后）。 代码由许多文件和子例程组成，但我只需要访问python中最外层的main / driver函数。 我采取的第一步是使用SLEPc提供的makefile模板来生成所有的目标文件（最终的链接失败，因为外部函数现在是一个子程序而不是主程序，但现在我并不担心这个问题，因为我只是在目标文件之后）。

从那里，我尝试了两种方法。 首先是简单地调用f2py ，如下所示：

f2py -c -m modname outer_driver.f90 file1.o file2.o file3.o...

这看起来可行，但在尝试导入到python时，无法找到SLEPc（和，我假定PETSc）对象/函数：

>>> import mod_name
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: dlopen(./mod_name.so, 2): Symbol not found: _epscreate_
  Referenced from: ./mod_name.so
  Expected in: flat namespace
 in ./mod_name.so

第二种方法假定我需要链接到SLEPc / PETSc库。 因此，我在我的makefile中添加了一行：

modname.so: outer_driver.f90
        f2py -c -m modname outer_driver.f90 file1.o file2.o file3.o ${SLEPC_EPS_LIB}

在运行“make f2py ”时， f2py无法完全运行。 这是从那里输出：

running build
running config_cc
unifing config_cc, config, build_clib, build_ext, build commands --compiler options
running config_fc
unifing config_fc, config, build_clib, build_ext, build commands --fcompiler options
running build_src
build_src
building extension "modname" sources
f2py options: []
f2py:> /tmp/tmpIH70ZJ/src.macosx-10.10-x86_64-2.7/modnamemodule.c
creating /tmp/tmpIH70ZJ/src.macosx-10.10-x86_64-2.7
Reading fortran codes...
    Reading file 'outer_driver.f90' (format:free)
Post-processing...
    Block: modname
            Block: outer_driver
Post-processing (stage 2)...
Building modules...
    Building module "modname"...
        Constructing wrapper function "outer_driver"...
          outer_driver()
    Wrote C/API module "modname" to file "/tmp/tmpIH70ZJ/src.macosx-10.10-x86_64-2.7/modnamemodule.c"
  adding '/tmp/tmpIH70ZJ/src.macosx-10.10-x86_64-2.7/fortranobject.c' to sources.
  adding '/tmp/tmpIH70ZJ/src.macosx-10.10-x86_64-2.7' to include_dirs.
copying /usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/f2py/src/fortranobject.c -> /tmp/tmpIH70ZJ/src.macosx-10.10-x86_64-2.7
copying /usr/local/lib/python2.7/site-packages/numpy/f2py/src/fortranobject.h -> /tmp/tmpIH70ZJ/src.macosx-10.10-x86_64-2.7
build_src: building npy-pkg config files
running build_ext
customize UnixCCompiler
customize UnixCCompiler using build_ext
customize Gnu95FCompiler
Found executable /usr/local/bin/gfortran
customize Gnu95FCompiler
customize Gnu95FCompiler using build_ext
building 'modname' extension
compiling C sources
C compiler: clang -fno-strict-aliasing -fno-common -dynamic -g -O2 -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes

error: unknown file type '' (from '-Wl,-rpath,/usr/local/Cellar/slepc/3.7.3_4/real/lib')
make: *** [modname.so] Error 1

在链接到PETSc post的Fortran代码上使用f2py的OP指出，他能够绕过使用-Wl,-rpath标志，这也是一个问题，通过将LD_LIBRARY_PATH环境变量设置为PETSc库。 但是，如果我做同样的事情（设置为SLEPc库，我相信这也意味着PETSc库），对任何一种方法我都没有帮助。 任何人都可以提出我可能会使用的方法吗？

更新 ：关于-Wl,rpath错误以及它来自哪里-Wl,rpath请求了更多信息。 据我所知，这些标志来自使用SLEPc / PETSc链接。 所以，在我的makefile中，它们来自${SLEPC_EPS_LIB}变量。 解释时，完整的命令非常长，但无论如何我都会将它包括在内，以防从那里开采某些东西。 请记住，我没有在上面的示例中使用实际的文件名 - 为了清晰起见，我只是简化了它。 下面的文件名称会有所不同。

f2py -c -m iga_blade_py run_analysis.f90 modules.o forces.o param.o cname.o curve_input_nrb_mc.o shell_input_nrb_mp.o shell_reduce_node.o shell_input_nrb.o material_input.o material_calculate.o shell_laminate2.o iosol.o shell_gp_info.o shell_profile_vector。 øshell_genIEN_INN.o shell_genSparStruc.o shell_genGP_GW.o shell_eval_SHAPE.o shell_dersbasisfuns.o shell_e3LRhs_KLShell.o shell_e3LRhs_KLShell_pen_disp.o shell_e3LRhs_KLShell_pen_rot.o shell_KL_geo.o cross_prod.o shell_BCLhs_3D.o shell_FillSparseMat_3D.o shell_SparseMatLoc_3D.o shell_SparseCG.o shell_skyline.o shell_SparseProd.o shell_IntElmAss_post2的.o shell_e3LRhs_KLShell_post.o curve_element_project.o shell_mnrb_find_search_locs.o shell_nrb_find_point.o patch_point_proj.o petsc_genSparStruc.o viz_read_mesh_points.o driver.o input_shell.o solflow.o shell_IntElmAss.o petsc_fillMat.o shell_IntElmAss_pen.o petsc_prepSolve.o shell_allocate_LRhs.o petsc_rank.o solflow_lin_buck.o solflow_vibr.o shell_IntElmAss_mass.o -Wl，-rpath，/ usr / loca l / Cellar / slepc / 3.7.3_4 / real / lib -L ​​/ usr / local / Cellar / slepc / 3.7.3_4 / real / lib -lslepc -Wl，-rpath，/ usr / local / opt / arpack / lib - L / usr / local / opt / arpack / lib -lparpack -larpack -Wl，-rpath，/ usr / local / Cellar / petsc / 3.7.5 / real / lib -L ​​/ usr / local / Cellar / petsc / 3.7。 5 / real / lib -lpetsc -L / usr / local / opt / superlu_dist / lib -lsuperlu_dist -Wl，-rpath，/ usr / local / opt / mumps / libexec / lib -L ​​/ usr / local / opt / mumps / libexec / lib -lcmumps -ldmumps -lsmumps -lzmumps -lmumps_common -lpord -Wl，-rpath，/ usr / local / opt / parmetis / lib -L ​​/ usr / local / opt / parmetis / lib -lparmetis -Wl，-rpath ，/ usr / local / opt / metis / lib -L ​​/ usr / local / opt / metis / lib -lmetis -Wl，-rpath，/ usr / local / opt / hypre / lib -L ​​/ usr / local / opt / hypre / lib -lHYPRE -Wl，-rpath，/ usr / local / opt / libevent / lib -L ​​/ usr / local / opt / libevent / lib -Wl，-rpath，/ usr / local / Cellar / open-mpi / 2.0.2 / lib -L ​​/ usr / local / Cellar / open-mpi / 2.0.2 / lib -Wl，-rpath，/ usr / local / lib -L ​​/ usr / local / lib -Wl，-rpath，/ System / Library / Frameworks / OpenGL.framework / Versions / Current / Libraries -L / System / Library / Frameworks / OpenGL.framework / Versions / Current / Libraries -Wl，-rpath，/ Applications / Xcode.app / Contents / Developer / Toolchains / XcodeDefault.xctoolchain / usr / lib / clang / 8.0.0 / lib / darwin -L / Applications / Xcode.app /Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/lib/clang/8.0.0/lib/darwin -lclang_rt.osx -lc ++ -Wl，-rpath，/ Applications / Xcode.app / Contents / Developer / Toolchains / XcodeDefault .xctoolchain / usr / bin /../ lib / clang / 8.0.0 / lib / darwin -L / Applications / Xcode.app /目录/ Developer / Toolchains / XcodeDefault.xctoolchain / usr / bin /../ lib / clang /8.0.0/lib/darwin -lclang_rt.osx -Wl，-rpath，/ usr / local / opt / scalapack / lib -L ​​/ usr / local / opt / scalapack / lib -lscalapack -Wl，-rpath，/ usr / local / opt / suite-sparse / lib -L ​​/ usr / local / opt / suite-sparse / lib -lumfpack -lklu -lcholmod -lbtf -lccolamd -lcolamd -lcamd -lamd -lsuitesparseconfig -Wl，-rpath，/ usr / local / opt / sundials / lib -L ​​/ usr / local / opt / sundials / lib -lsundials_cvode -lsundials_nvecserial -lsundials_nvecparallel -llapack -lblas -Wl，-rpath，/ usr / local / opt / netcdf / lib -L ​​/ usr /本地的/ opt /的NetCDF / lib目录 -lnetcdf -Wl，-rpath，/ usr / local / opt / hdf5 / lib -L ​​/ usr / local / opt / hdf5 / lib -lhdf5_hl -lhdf5 -Wl，-rpath，/ usr / local / opt / hwloc / lib -L / usr / local / opt / hwloc / lib -lhwloc -Wl，-rpath，/ usr / local / opt / fftw / lib -L ​​/ usr / local / opt / fftw / lib -lfftw3_mpi -lfftw3 -lmpi_usempif08 -lmpi_usempi_ignore_tkr -lmpi_mpifh -lgfortran -Wl，-rpath，/ usr / local / Cellar / gcc / 6.3.0_1 / lib / gcc / 6 / gcc / x86_64 -app -darwin15.6.0 / 6.3.0 -L / usr / local / Cellar /gcc/6.3.0_1/lib/gcc/6/gcc/x86_64-apple-darwin15.6.0/6.3.0 -Wl，-rpath，/ usr / local / Cellar / gcc / 6.3.0_1 / lib / gcc / 6 -L / usr / local / Cellar / gcc / 6.3.0_1 / lib / gcc / 6 -lgfortran -lgcc_ext.10.5 -lquadmath -lm -lclang_rt.osx -lc ++ -lclang_rt.osx -Wl，-rpath，/ usr / local / opt / libevent / lib -L ​​/ usr / local / opt / libevent / lib -Wl，-rpath，/ usr / local / Cellar / open-mpi / 2.0.2 / lib -L ​​/ usr / local / Cellar / open -mpi / 2.0.2 / lib -Wl，-rpath，/ usr / local / lib -L ​​/ usr / local / lib -Wl，-rpath，/ System / Library / Frameworks / OpenGL.framework / Versions / Current / Libraries -L / System / Library / Frameworks / OpenGL.framework / Versions / Current / Libraries -ldl -lm pi -lSystem -Wl，-rpath，/ Applications / Xcode.app /目录/ Developer / Toolchains / XcodeDefault.xctoolchain / usr / bin /../ lib / clang / 8.0.0 / lib / darwin -L / Applications / Xcode .app /目录/ Developer / Toolchains / XcodeDefault.xctoolchain / usr / bin /../ lib / clang / 8.0.0 / lib / darwin -lclang_rt.osx -ldl

解决 ：我最终能够找到几种不同的方法来解决这个问题。 最简单的方法与我描述的第二种方法（基于makefile的方法）基本相同，但是我手动删除SLEPC_EPS_LIB变量中的每个SLEPC_EPS_LIB -Wl,rpath命令。 另外，我通过PETSc邮件列表了解到可以使用f2py来生成必需的.c，.f90和.pyc文件。 然后你可以自己编译，链接到必要的库。 显然这更涉及，但它也是一种选择。

链接地址: http://www.djcxy.com/p/75479.html

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