在cython中声明numpy数组和c指针

2018-07-01 12:46:11

在我的代码中，我通常使用numpy数组来连接方法和类。优化我的程序的核心部分我使用cython与这些numpy数组的c指针。不幸的是，我目前声明数组的方式非常长。

例如，假设我有一个应该返回一个numpy数组someArrayNumpy的方法，但是在函数指针中* someArrayPointers应该用于提高速度。这是我通常如何声明的：

cdef:
    numpy.ndarray someArrayNumpy = numpy.zeros(someArraySize)
    numpy.ndarray[numpy.double_t, ndim=1] someArrayBuff = someArrayNumpy
    double *someArrayPointers = <double *> someArrayBuff.data

[... some Code ...]

return someArrayNumpy

正如你所看到的，这占据了基本上一个数组的3行代码，并且我经常需要声明更多的这些数组。

有没有更紧凑/更聪明的方法来做到这一点？我想我错过了一些东西。

编辑：

因为它是由J. Martinot-Lagarde提出的，所以我定义了C指针和“numpy指针”。代码基本上是

for ii in range(someArraySize):
    someArrayPointers[ii] += 1

和

for ii in range(someArraySize):
    someArrayBuff[ii] += 1

与上面的定义，但我加了“ndim = 1，mode ='c'”只是为了确保。结果是someArraySize = 1e8（以毫秒为单位的时间）：

testMartinot("cPointers")
531.276941299
testMartinot("numpyPointers")
498.730182648

这是我从之前/不同的基准中大致记得的。

你实际上在这里声明了两个numpy数组，第一个是通用的，第二个具有特定的dtype。你可以跳过第一行，someArrayBuff是一个ndarray。

这给出：

numpy.ndarray[numpy.double_t] someArrayNumpy = numpy.zeros(someArraySize)
double *someArrayPointers = <double *> someArrayNumpy.data

你至少需要两行，因为你使用someArrayPointers并返回someArrayNumpy，所以你必须声明它们。

作为一个附注，如果你声明了数组的维数和类型，你确定指针比ndarray更快吗？

numpy.ndarray[numpy.double_t, ndim=2] someArrayNumpy = numpy.zeros(someArraySize)

链接地址: http://www.djcxy.com/p/87923.html

上一篇: Declaring numpy array and c pointer in cython

下一篇: Cython error message: Buffer has wrong number of dimensions (expected 1, got 2)