加速独特观察的成对计数
我有一个对象（ object ）矢量以及相应的时间帧向量（ tframe ），其中观察对象。 对于每对独特的对象，我想计算两个对象被观察的时间帧的数量。
我可以使用for()循环编写代码，但需要很长时间才能随着唯一对象数量的增加而运行。 我如何更改代码以加快运行时间？
下面是一个有4个独特对象的例子（实际上我有大约300个）。 例如，在时间框架1和2中都观察到对象a和c ，因此它们的计数为2 。 对象b和d在同一时间段内从未被观察到，所以它们的计数为0 。
object <- c("a", "a", "a", "b", "b", "c", "c", "c", "c", "d")
tframe <- c(1, 1, 2, 2, 3, 1, 2, 2, 3, 1)
uo <- unique(object)
n <- length(uo)
mpairs <- matrix(NA, nrow=n*(n-1)/2, ncol=3, dimnames=list(NULL,
c("obj1", "obj2", "sametf")))
row <- 0
for(i in 1:(n-1)) {
for(j in (i+1):n) {
row <- row+1
mpairs[row, "obj1"] <- uo[i]
mpairs[row, "obj2"] <- uo[j]
# no. of time frames in which both objects in a pair were observed
intwin <- intersect(tframe[object==uo[i]], tframe[object==uo[j]])
mpairs[row, "sametf"] <- length(intwin)
}}
data.frame(object, tframe)
object tframe
1 a 1
2 a 1
3 a 2
4 b 2
5 b 3
6 c 1
7 c 2
8 c 2
9 c 3
10 d 1
mpairs
obj1 obj2 sametf
[1,] "a" "b" "1"
[2,] "a" "c" "2"
[3,] "a" "d" "1"
[4,] "b" "c" "2"
[5,] "b" "d" "0"
[6,] "c" "d" "1"
您可以使用crossproduct来获得协议计数。 如果需要，您可以重新整理数据。
例
object <- c("a", "a", "a", "b", "b", "c", "c", "c", "c", "d")
tframe <- c(1, 1, 2, 2, 3, 1, 2, 2, 3, 1)
# This will give you the counts
# Use code from Jean's comment
tab <- tcrossprod(table(object, tframe)>0)
# Reshape the data
tab[lower.tri(tab, TRUE)] <- NA
reshape2::melt(tab, na.rm=TRUE)