f2py无法与NetCDF库链接

我尝试在我的系统中使用f2py安装一些Python模块,这些模块与海洋模型(在Fortran 90中)相关。 我正面临f2py的一些问题。 具体而言,即使我安装了所需的库和包含文件,f2py也无法与NetCDF库链接。 我在64位机器上的Ubuntu16.04上使用Python 2.7与Anaconda 2。 我正在使用gfortran。

为了测试它的工作,我写了一个小代码 - 一个包含一个小子程序的f90模块。 该子程序执行基本的数学任务,并调用一个NetCDF例程来打印安装的NetCDF版本。 模块(testsub.f90)如下所示:

module testsub
implicit none

contains

subroutine f_sum(a, b, s)
!#include 'netcdf.inc' 
  use netcdf
  real(8) :: a, b, s
  s = a+b;

  !Calls a function that prints the netcdf version
  write(*,*) trim(nf90_inq_libvers())
end subroutine f_sum

end module

testsub的makefile文件是:

#Fortran compiler
FC=gfortran

NCLIB = -L/home/sonaljit/anaconda2/lib -lnetcdf -lnetcdff -L/usr/lib/python2.7/config-x86_64-linux-gnu -lpython2.7
NCINC = -I/home/sonaljit/anaconda2/include

#f2py and flags
F2PY = /home/sonaljit/anaconda2/bin/f2py
PYFLAGS = "-fPIC -g -O2 -fdefault-real-8"

pytest : testsub.f90
        $(F2PY) --fcompiler=$(FC) --f90flags=$(PYFLAGS) -c $(NCINC) -m testpymod testsub.f90 $(NCLIB)

clean :
        rm testpymod.so

我有NetCDF库和包含在给定路径中安装的文件。 当我使用make pytest运行makefile时,出现以下错误:

/usr/bin/ld: /home/sonaljit/anaconda2/lib/libnetcdf.a(netcdf.o): relocation R_X86_64_32 against `.rodata' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
/home/sonaljit/anaconda2/lib/libnetcdf.a: error adding symbols: Bad value
collect2: error: ld returned 1 exit status

但是,当我注释掉模块中的NetCDF行时,我没有看到这个错误。 看来f2py无法链接到NetCDF例程。 这里可能是什么错误? 这是由于代码的结构吗? 或者,我是否需要包含其他一些库?


您正在编译共享(动态)库,您应该使用共享库版本的NetCDF。

如果您自己安装NetCDF(如您的/home/sonaljit的路径/home/sonaljit ),则应安装.so版本并链接到此版本。

链接地址: http://www.djcxy.com/p/96143.html

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