依赖于rjava的软件包安装分割故障(核心转储)
我正尝试重新安装我以前能够安装和使用的软件包。 在我的电脑意外重新启动后,我正在构建我自己的软件包,然后我开始在加载rpgraph软件包时遇到问题。 所以我决定卸载它并重新安装它。 当我这样做时,我得到了以下错误:
library(devtools)
library(rJava)
install_github("Albluca/rpgraph")
Downloading GitHub repo Albluca/rpgraph@master
from URL https://api.github.com/repos/Albluca/rpgraph/zipball/master
Installing rpgraph
Running command /usr/lib/R/bin/R
Arguments:
CMD
INSTALL
/tmp/Rtmp5OrtLL/devtools505a703b3ccd/Albluca-rpgraph-de04f96
--library=/home/gonzalo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4
--install-tests
installing source package ‘rpgraph’ ...
** R
** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded
Segmentation fault (core dumped)
ERROR: loading failed
removing ‘/home/gonzalo/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/rpgraph’
Installation failed: run(bin, args = real_cmdargs, stdout_line_callback = real_callback(stdout), stderr_line_callback = real_callback(stderr), stdout_callback = real_block_callback, stderr_callback = real_block_callback, echo_cmd = echo, echo = show, spinner = spinner, error_on_status = fail_on_status, timeout = timeout) : System command error`
我试着从零重新安装JAva和cran,但不知何故,我的系统中仍然有某些东西可以避免要安装的软件包。 另外,由于错误信息量不大,我不知道如何缩小问题的位置。
感谢您的任何帮助,您可以提供。
我在安装库vanneuler
和wordnet
时遇到了同样的问题,并使用Kenneth提出的解决方案解决了问题。 在我的情况下,选项-Xss2560k
足以解决:
export _JAVA_OPTIONS="-Xss2560k"
另外:不用从终端运行导出命令,可以使用以下命令直接从R会话中设置java选项:
options(java.parameters = "-Xss2560k")
这似乎是最近内核版本中的一个错误,其他涉及Java的R库以及其他软件也会出现同样的问题。
请参阅https://lists.ubuntu.com/archives/ubuntu-devel-discuss/2017-June/017507.html和https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/linux/+bug/1698919。
这个解决方法为我做了诀窍:
export _JAVA_OPTIONS="-Xss2560k -Xmx2g"
链接地址: http://www.djcxy.com/p/96509.html
上一篇: rjava dependent package installation Segmentation fault (core dumped)